La fin du quatorzième siècle vit une nouvelle apparition de l'hérésie en Europe, d'abord en Angleterre, puis en Bohème deux pays qui n'avaient pas pris une grande part aux hérésies des siècles précédents.

Comme les Vaudois, Jean Wycliff, un maître d'Oxford, s'efforçait de retrouver un christianisme primitif. Il entreprit une critique radicale de l'Eglise ; constatant que celle-ci est corrompue par le péché, il affirme que la véritable Eglise est invisible et constituée uniquement par ceux qui sont prédestinés au salut. Pour appartenir à cette Eglise, il suffisait d'en revenir à l'Écriture Sainte proprement dite, à laquelle il ne fallait rien ajouter ; le clergé et les sacrements de l'Eglise deviennent inutiles. Il publia également des traités où il mettait directement en cause la doctrine traditionnelle sur l'eucharistie, niant la transsubstantiation. Cela lui valut la condamnation de sa doctrine, en 1382 par un concile réuni à Londres ; il dut se retirer d'Oxford et il mourut en 1384, après avoir mené de violentes campagnes littéraires contre le clergé, la papauté et tous les ordres religieux, et tout en prônant un retour à la vie évangélique selon un christianisme inspiré de Écriture seule.

Comme Wycliff, Jean Huss est un universitaire de Prague, qui commença une carrière de prédicateur, en découvrant dans Écriture seule la base de la foi ; il considérait Wycliff comme une autorité qui garantissait sa propre recherche. En 1403, l'université de Prague condamnait les théories de Wycliff, suivie en cela par le pape Grégoire XII, dont le pontificat était reconnu par la Bohème et par Jean Huss. Condamné par l'archevêque de Prague qui l'excommunia, il ne cessait d'être soutenu par le roi et par le peuple. L'empereur Sigismond proposa à Jean Huss de soutenir sa cause au concile de Constance, Jean XXIII ayant accepté de lever l'excommunication. Devant les pères conciliaires, il affirma de nouveau qu'il n'acceptait pas toute la doctrine de Wycliff, et qu'il refusait, entre autres, ses théories sur l'eucharistie. Mais les pères conciliaires ne voulurent pas se lancer dans des débats théologiques ; la doctrine de Jean Huss sur le sacerdoce et sur l'Eglise suffisait à le faire condamner. Refusant de se rétracter, quant à sa théorie selon laquelle Écriture avait force de loi pour juger toute doctrine chrétienne, Huss fut condamné par le concile qui le livra à l'empereur, qui le trahit et qui le livra au bûcher en 1415.

Les différents mouvements de réforme au sein de l'Eglise catholique n'ont sans doute pas, comme on l'a trop souvent pensé, des causes socio-économiques, mais bien des causes religieuses ; alors que l'Occident va sortir du Moyen-Age, l'homme ne cesse d'être hanté et même tourmenté par la question du salut. C'est parce que les hommes avaient une réelle avidité de Dieu, et non pas en raison des abus du clergé, qu'ils ont pu prêter une oreille attentive à tous ceux qui voulaient réformer l'Eglise. Le malaise a trouvé sa source dans la naissance de la doctrine conciliariste, au moment du schisme en Occident ; le concile, à condition qu'il soit oecuménique, est supérieur au pape, dans le sens spirituel comme dans le sens temporel ; mais, pour diriger ce concile, il n'y a pas une seule autorité, mais le rassemblement des autorités épiscopales. Déjà, le désir se faisait sentir chez les responsables hiérarchiques d'une sorte de retour aux premières communautés, à une époque où la centralisation romaine n'existait pas. 

Ce malaise a pénétré dans le peuple chrétien et s'est traduit par les déviations de Wycliff et de Jean Huss, qui réclamaient le retour à la seule foi (sola fides) et à la seule Écriture sainte (sola Scriptura) Le clergé lui aussi vivait une époque de crise ; certains prêtres avaient suivi une formation universitaire et comprenaient que l'enseignement traditionnel de l'Eglise était dépassé, qu'il ne s'adaptait plus aux circonstances présentes ; ils considéraient la révélation chrétienne comme un donné qui s'imposait à l'intelligence humaine et que la philosophie devait tenter d'interpréter, sinon de rationaliser. L'ensemble de la chrétienté occidentale inaugurait une époque nouvelle ; elle entrait dans une époque moderne, abandonnant les rêves des générations précédentes. L'idéal des croisades s'est estompé devant la recherche du profit et des échanges commerciaux avec les pays d'Orient. L'idéal d'une chrétienté unique et puissante s'estompe également devant la naissance des nationalités qui font naître plusieurs langues vernaculaires qui amoindrissent la portée internationale de la langue officielle de l'Eglise. 

La culture religieuse fait place à une culture plus laïque, avec la naissance et le développement de l'imprimerie par Gutenberg, en 1456. Et ce mouvement de laïcisation du christianisme s'amplifie du fait des papes qui, de 1450 à 1517 environ, sont moralement critiquables ; ils voulaient refaire de l'Italie un état temporel, sans trop s'occuper des réalités spirituelles, et pour ce faire, ils recherchaient des alliances avec les puissances de l'époque ; le pouvoir spirituel était à la dérive, et les Églises locales devenaient mécontentes de la fiscalité toujours croissante du Saint-Siège. Pourtant, la vie religieuse restait active ; la direction spirituelle du clergé n'était pas contestée, malgré les abus de la papauté. La piété personnelle se développait en parallèles à la piété imposée par l'autorité pontificale ; et la piété populaire s'abandonnait facilement à la mystique, c'est-à-dire à l'état de l'âme qui abandonne ses potentialités rationnelles pour se mettre en contact avec une connaissance spirituelle qui s'impose à elle sans recourir à des interprétations intellectuelles. La spiritualité devenait de plus en plu subjective, chacun voulant gagner le ciel et son salut, par tous les moyens possibles ; multiplication des autels dans les églises, acquisition d'un maximum d'indulgences, recherche de saints protecteurs contre tous les maux et toutes les maladies, multiplication des pèlerinages.

La contestation qui sera adressée à l'Eglise catholique sera enracinée dans la recherche d'une foi pure de toute compromission politique ; Martin Luther sera le catalyseur de tous ceux qui estiment que l'Eglise oublie de plus en plus le spirituel pour ne plus s'intéresser qu'au temporel. La querelle des indulgences ne sera jamais que le prétexte qui mettra le feu aux poudres. Toute l'ambition de Luther sera de réformer l'ensemble de l'Eglise, en lui rappelant les principes évangéliques.

Originellement, la Réforme reposait sur des causes religieuses, théologiques, mais l'implication politique de la décision de ceux qui accordaient du crédit à Luther, en particulier les princes allemands, ne pouvait qu'amener une politisation effective de cette démarche religieuse dans son essence. Dans l'esprit de Luther, la réforme ne pouvait pas être une déchirure au sein de l'Eglise d'Occident, il pensait pouvoir réformer l'Eglise de l'intérieur, sans schisme, en lui rappelant que ce qui la fonde, c'était Écriture Sainte dans laquelle s'exprime la parole même de Dieu. Il voulait ainsi rappeler que le véritable trésor de l'Eglise était dans l'évangile beaucoup plus que dans la discipline interne d'une chrétienté, armée d'un dispositif philosophique, hérité plus ou moins d'Aristote. C'est sans doute dans son opposition aux écoles théologiques beaucoup plus que dans sa lutte contre de sombres machinations financières que la résistance de Luther fut le plus r"sentie par l'Eglise catholique de Rome. La protestation luthérienne se situait au plan théologique, mais l'armature doctrinale de Rome ne permettait pas d'introduire une discontinuité dans l'enseignement traditionnel de l'Eglise. Et le moine Luther apparaissait alors comme un danger pour le statut de la papauté.

En 1505, le pape Jules II avait décidé de faire construire une nouvelle basilique de Saint-Pierre à Rome. Selon la coutume des siècles précédents, il entreprit de distribuer des indulgences plénières à ceux qui, s'étant confessé et ayant reçu la communion, ajoutaient une offrande en argent pour permettre la réalisation de ce grand projet. Cette campagne des indulgences ne se répandit en Allemagne du Nord qu'en 1517. La première manifestation de Luther sur la scène publique a lieu la veille de la Toussaint de cette même année ; alors, en Saxe, on se préparait à la fête de la Toussaint, en se confessant, et en vénérant quelques dix-sept mille reliques, rapportant plus de cent vingt mille années d'indulgences, pouvant transférer rapidement les âmes des défunts du purgatoire au paradis. Depuis un an déjà, Luther prêchait contre les indulgences et cherchait à connaître l'enseignement traditionnel de l'Eglise sur ce sujet. Il avait écrit au prince et à l'archevêque de Mayence ses réflexions sur cette vente des Indulgences. Devant la grande préparation de la Toussaint 1517, il rédige une série de propositions : quatre-vingt quinze thèses qui auraient été affichées, si on en croit la tradition, aux portes de l'Eglise du château de Wittenberg.

Ces thèses sur la vertu des indulgences étaient écrites en latin, ce qui montre que Luther ne voulait pas répandre d'idées subversives dans la mentalité populaire et qu'il souhaitait simplement soulever un débat idéologique parmi les docteurs de Eglise catholique. Ces quatre-vingt quinze propositions n'apportaient aucun enseignement nouveau, elles rappelaient simplement l'enseignement de l'Eglise depuis les premiers siècles : comment pourrait-on acheter, à prix d'argent, une grâce de salut que Dieu accorde librement par la mort du Christ sur la croix ? Mais, le pape, pas plus que ses collaborateurs, ne se souciait d'un débat idéologique, d'une discussion théologique, trop occupé qu'il était du gouvernement intérieur de l'Eglise et des pays qui se trouvaient sous sa coupe. Sommé de rendre compte publiquement de ses thèses à Rome, alors que le pape avait sans doute été mal informé, Luther refusa de se rétracter, tant qu'il ne serait pas convaincu, par ses opposants, au moyen des seules preuves tirées de Écriture, de l'authenticité de leurs affirmations concernant les indulgences. Comme Eglise de Rome n'était pas disposée à reconnaître qu'elle pouvait s'être trompée, en menant son existence sans référence constante à l'Évangile, une bulle d'excommunication contre Luther "Decet Romanum pontificem" fut signée par le pape en 1521. Par ailleurs, Luther, excédé, avait fini par douter de l'infaillibilité des conciles universels eux-mêmes ; il s'attaquait au magistère doctrinal de Eglise, en affirmant que l'on ne pouvait garder comme vérité absolue que ce qui pouvait être tiré de Écriture seule. 

L'histoire ultérieure devait entraîner un durcissement des deux partis en présence, chacun restant strictement sur ses positions. Mais la lutte sortit très rapidement du domaine purement ecclésiastique pour devenir un élément de lutte nationaliste allemande contre l'empereur. Et cela, Luther le sentit très bien, en laissant de côté les spéculations théologiques pour placer au premier plan les problèmes de politique ecclésiastique et en exploitant au maximum le mécontentement général contre l'administration de Rome ; le pape devient alors l'ennemi personnel de Luther et la figure de l'ennemi de la nation allemande, d'autant plus que le pape intriguait pour trouver un successeur à Maximilien, successeur qui puisse défendre les Intérêts de la papauté... Dès Noël 1521, il abandonna l'habit ecclésiastique pour célébrer le repas eucharistique et pour assurer la prédication. Le lendemain, alors qu'il avait été relevé de ses voeux monastiques quelques mois auparavant, il se maria. Il avait depuis longtemps réclamé l'obligation du mariage pour les prêtres et sa permission pour les religieux. Mais là n'était sans doute pas le problème ecclésiastique majeur. II se trouva, en effet, que les laïcs prirent leur part au mouvement suscité par Luther ; tout le monde pouvait rapidement devenir prédicateur, quel que soit son statut social, quel que soit son niveau d'études religieuses. On renonça bientôt aux études théologiques. 

Désormais, le mouvement déclenché par Luther échappait à la personne du réformateur pour accomplir son destin propre. La référence à Écriture, comme seule norme, pouvait permettre toutes les interprétations. Aussi le mouvement luthérien ne pouvait-il pas garder longtemps l'inspiration de son fondateur. Déjà au temps de Luther, et en Allemagne, se manifestaient d'autres tendances, qui prenaient appui sur les thèses de Wittenberg, mais en les exploitant d'une manière ou d'une autre. En Suisse, d'autre part, un nouveau chef de la révolte contre Rome se manifestait : Zwingli, qui faisait de la Réforme une affaire humaniste et politique.

En 1535, Jean Calvin quittait la France pour la Suisse, à la suite de l'affaire des Placards, affiches qui critiquaient la messe de Eglise catholique. La Suisse avait accueilli favorablement les idées de la Réforme. A Genève, il commence à organiser l'Eglise évangélique, ce que les bourgeois de la ville eux-mêmes souhaitaient.

Les Genevois s'organisèrent en une communauté qui n'est pas sans rappeler la communauté des premiers chrétiens ; Calvin donna une constitution à l'Eglise de cette ville. Si la Réforme, sous la conduite de Luther puis de Zwingli, s'était distinguée dans l'ensemble de l'Eglise d'Occident par sa recherche théologique, elle devient, avec Calvin, une démarche pratique. Pour lui, la spéculation intellectuelle compte moins qu'une existence menée à la lumière de Évangile Calvin est, avant tout, un homme d'action, un réalisateur ; sa formation de juriste l'aidera à établir une sorte de société théocratique. Eglise qu'il fonde ainsi est une Eglise de saints, le rassemblement des élus, et non pas seulement une Eglise de la foi où le croyant cherche à obtenir le salut personnel par sa confiance en Dieu.

Une nation allait aussi adopter les principes de la Réforme, même si elle ne se place pas immédiatement dans l'idéologie des grands réformateurs. La dénomination d'Eglise anglicane ne date pas de la Réforme. Avant 1521, elle marquait simplement l'unique Eglise d'Angleterre en communion avec le siège de Rome. Seulement quarante ans plus tard, cette même dénomination va désigner une Eglise à part, détachée de Rome, établie par un acte du Parlement, soumise au roi d'Angleterre. Par ses origines, comme par ses développements ultérieurs, l'Eglise anglicane ne peut que difficilement être située dans le courant théologique de la Réforme, et, d'une certaine manière, l'anglicanisme peut paraître comme l'Eglise séparée de Rome, mais qui reste la plus proche du siège apostolique de Pierre. C'est que la séparation de 1534 se situe davantage sur le plan de la juridiction de la papauté que sur celui de la théologie chrétienne. Sur le continent, les réformateurs furent des hommes de doctrine, des théologiens avant d'être des hommes d'action ; en Angleterre, il n'y eut rien de comparable, puisque les meneurs sont d'habiles politiques, qui s'affranchissent de la tutelle de Rome, bien avant de se constituer une référence dans des écrits.

La Réforme constituait une provocation sérieuse dans la vie de l'Eglise catholique ; une réponse à cette scission devenait nécessaire ; elle se fit attendre, car les responsables ecclésiastiques n'ont certainement pas mesuré, sur le coup, la gravité de la situation dans laquelle la chrétienté risquait de s'enliser. Dans les siècles précédents, il y avait déjà eu des tentatives de réformes, notamment par l'appel à la pauvreté et à la vie monastique, mais à mesure que le luthéranisme étendait son rayon d'action, les petites réformes entreprises dans l'Eglise se révélaient insuffisantes. Seul, un nouveau concile oecuménique semblait être susceptible d'apporter une solution satisfaisante à ce problème qui intéressait l'ensemble de la chrétienté. Les chrétiens ressentaient l'urgence d'un tel rassemblement des évêques, non seulement pour examiner la question luthérienne, mais surtout pour apporter des réformes décisives dans la vie de l'Eglise. Pourtant, la papauté hésita longuement avant de convoquer cette assemblée conciliaire d'une part, parce que la convocation des conciles n'était pas un privilège pontifical mais un droit de l'autorité séculière, et d'autre part, parce que la papauté se souvenait des thèses conciliaristes des conciles de Bâle et de Constance qui avaient sérieusement entaché le crédit de la papauté au profit du gouvernement de Eglise par les conciles généraux. Et les princes allemands auraient été trop heureux de réunir un concile pour échapper à la lourdeur de la fiscalité romaine qui s'abattait sur leurs provinces ; la convocation d'un concile aurait pu immédiatement bouleverser l'équilibre instauré par les papes depuis le grand schisme d'Occident. Pourtant, Paul III se décide, en mai 1542, à convoquer une assemblée oecuménique à Trente.

Ouvert en 1545, le concile allait se prolonger jusqu'en 1563, mais avec de nombreuses interruptions et même une longue coupure entre 1552 et 1562 ; une ambiguïté planait dès l'ouverture ; Rome attendait du concile des définitions dogmatiques, alors que l'empereur, Charles Quint, espérait une réforme à l'intérieur de Eglise, réforme capable de rallier les protestants et de rétablir ainsi l'unité de l'Eglise chrétienne. Malgré les longs travaux du concile de Trente, la restauration de l'unité chrétienne ne se fit pas ; au contraire, la division fut même mise en évidence par des définitions dogmatiques que les protestants ne pouvaient accepter ; le concile affirme qu'il existait deux sources à la vérité chrétienne, Écriture sainte, mais aussi les traditions de Eglise, comme les écrits patristiques ou le magistère pontifical et conciliaire... Les pères conciliaires de Trente définirent aussi la sacramentalité chrétienne, en insistant particulièrement sur la doctrine catholique de l'eucharistie, en réaction aux propositions de Luther.

Ce concile de Trente peut se concevoir comme la réponse toute négative du catholicisme à l'oeuvre de la Réforme protestante ; il est même parfois présenté comme le concile de la 'Contre-Réforme' catholique, en raison de la présentation très juridique et disciplinaire des décisions qui furent les siennes ; d'une certaine manière, ce concile a enfermé l'Eglise catholique dans un bastion solide qui se protégeait fortement de tout rapprochement avec ce qui n'était pas la pure vérité catholique. Mais ce même concile de Trente peut aussi se concevoir sous un jour nettement positif, puisqu'il a poursuivi l'oeuvre de réforme entreprise auparavant dans l'Eglise catholique, donnant à celle-ci une structure canonique dont elle ne jouissait pas avant le concile ; la hiérarchie catholique se dégageait aussi de l'autorité civile. La ville de Rome elle-même se transforma, cessant d'être un lieu de licence des moeurs pour s'attacher à une spiritualité plus authentiquement chrétienne ; les papes travaillèrent alors à favoriser la dévotion du peuple chrétien envers le siège apostolique de Rome, le Saint-Siège. De Rome, le mouvement de réforme catholique s'étendit par étapes à tous les diocèses de la catholicité.

La mise en application des décisions conciliaires revint à Pie V (1566-1572), dont un ambassadeur vénitien disait qu'il avait transformé Rome en un véritable cloître, car ce pape voulait maintenir la foi dans toute sa pureté. Pour unifier l'Eglise catholique, il entreprit la réforme de sa liturgie, en l'unifiant. En 1566, il fit publier un Catéchisme romain qui devait servir de base à la formation de tous les chrétiens par le clergé paroissial ; en 1568, il publia le Bréviaire romain, accordant une grande place aux textes de Écriture ; en 1570, il fit paraître le Missel romain. Cette oeuvre d'unification liturgique fut poursuivie sous les pontificats suivants. Grégoire XIII (1572-1585) acheva la révision du code de droit canon entreprise par son prédécesseur ; mais ce pape a vu son nom immortalisé par la réforme qu'il entreprit de mener à bien, celle du calendrier ; le 24 février 1582, il décida que pour remédier aux erreurs du calendrier julien, le lendemain du 4 octobre 1582 serait le 15 octobre. Les états catholiques admirent immédiatement cette réforme ; les états protestants et orthodoxes conservèrent leur ancien calendrier de peur de voir le pape prendre encore de l'autorité sur eux...

A la fin du seizième siècle, la chrétienté universelle se trouve ainsi divisée en trois grandes zones d'influence. L'Orient demeure fidèle à l'orthodoxie de Constantinople ; l'Occident chrétien se sépare entre les fidèles qui reconnaissent l'autorité du pape et qui se regroupent ainsi dans le catholicisme romain et les fidèles qui refusent de reconnaître l'autorité du pape dans la vie de leurs Églises locales et qui se regroupent alors dans des communautés séparées, qui seront plus simplement rassemblées sous le nom de 'protestantisme', nom générique donné indistinctement aux Églises chrétiennes issues de la Réforme.